PostgreSQL导入MIMIC数据

在PostgreSQL中导入MIMIC数据库的操作方法，对于Linux系统和Windows系统来说方法几乎是一样的，所以本文将以Windows 10系统为基础来展示如下：

首先，打开pgAdmin 4，我们的初始界面应该是下面这样：

然后，在左下角的搜索框中搜索找到并点开SQL Shell（psql）如下：

回车4次并输入自己的PostgreSQL密码，再回车一次：

接下来，进行数据库的导入操作：

① 如果已经存在mimic数据库，则需要先删掉，在SQL Shell（psql）中输入下面代码：

DROP DATABASE IF EXISTS mimic;

② 创建自己的mimic数据库，输入如下代码并回车：CREATE DATABASE mimic OWNER postgres;

这时点开pgAdmin 4的界面可以看到Database中有一个新的mimic数据库出现如下：

③ 与上一步创建的mimic数据库建立连接，输入如下代码并回车：

\c mimic;

④ 创建一个模式并命名，这里命名mimiciv作为示例（注意：名称里不能带有“-”，否则会报错），输入如下代码并回车：

CREATE SCHEMA mimiciv;

这时点开pgAdmin 4的界面可以看到mimic数据库的Schemas模块中有一个新的mimiciv模块出现，如下：

⑤ 紧接着输入如下代码并回车：

set search_path to mimiciv;

⑥ 创建TABLE，输入\i和所需要的sql代码文件路径地址如下：

\i C:/GitHub/mimic-iv-master/buildmimic/

postgres/create.sql

！！路径地址一定要使用斜杠"/"，而不是反斜杠"\"，反斜杠会出错导致无法正常运行！！

（所需要的sql代码文件可以在如下链接找到，可以下载GitHub文件夹到电脑本地盘中：https://github.com/MIT-LCP/mimic-iv-code）

我的保存位置：

C:/GitHub/mimic-iv-master/buildmimic/

postgres/create.sql

输入后回车：

可以看到对于不存在的TABLE，会自动create创建（上面截图只展示了一部分，后面还有很长一串的“表格不存在并创建”内容）

⑦ 创建好TABLE后，输入如下代码并回车：

\set ON_ERROR_STOP 1 

\set mimic_data_dir ‘C:/夏夏实验室/数据库数据/mimic-iv/1.0’

第一行是设置出错处理

第二行“\set”后面的C盘的路径地址是下载并解压好的mimic iv数据集的放置位置，切记一定要是解压好的文件！！

⑧ 载入mimiciv数据，输入如下代码并回车：

\i C:/GitHub/mimic-iv-master/buildmimic/

postgres/load.sql

（其中load.sql为刚才第⑥步中下载好的sql文件）

如果出现上图所示“COPY xxx”即为导入成功，否则为失败。并且导入成功后可以在pgAdmin 4界面看到已导入的数据如下：

本文只导入了core中的admissions、patients、transfers三个表格作为示例，如果是导入MIMIC-IV的全部数据，据官方说是要大约4-6小时。

pgAdmin的数据可视化功能较为优秀，而且对于新手也比较容易上手掌握，但对于简化数据管理和降低系统的管理成本，有更好的选择：

下期推文将会介绍如何安装Navicat并且在Navicat中更方便的导入并管理MIMIC数据。