nature绘图系列1|条形图

本文主要展示如何绘制来自nature期刊The sequences of 150,119 genomes in the UK Biobank（Halldorsson, B.V.,et al,2022） [1] 一文中的Fig.2a条形图。该条形图用于展示基因系列的变化状况，如下图所示：

1、数据准备

library(dplyr)
library(ggplot2)
# 构造数据
mydata <- 
data.frame(
  DR = 1:100,
  value.A = seq(1201,2000,8),
  value.B = seq(1200,1101,-1),
  value.C = 600:501,
  value.D = 500:401,
  value.E = 400:301,
  value.F = 300:201,
  value.G = 200:101,
  value.H = 100:1) %>% 
  reshape2::melt(id.vars = "DR", value.name = "value", variable.name = "tpye")
#查看数据
head(mydata)
#  DR    tpye value
#1  1 value.A  1201
#2  2 value.A  1209
#3  3 value.A  1217
#4  4 value.A  1225
#5  5 value.A  1233
#6  6 value.A  1241
str(mydata)
#'data.frame': 800 obs. of  3 variables:
# $ DR   : int  1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
# $ tpye : Factor w/ 8 levels "value.A","value.B",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
# $ value: num  1201 1209 1217 1225 1233 ...

2、图形绘制

#生成颜色
mycolor <- c("#A6CEE3", "#1F78B4", "#B2DF8A", "#33A02C", "#FB9A99", "#E31A1C", "#FDBF6F", "#FF7F00")
#绘图
ggplot(mydata,aes(DR, value, fill = tpye)) + 
  geom_col(position = "fill") + 
  scale_fill_manual(values = mycolor, labels = c("Intergenic", "Intronic", "Downstream", "Upstream",
                                                 "3′ UTR", "5′ UTR", "Splice region\nor site", "Coding")) + 
  theme_classic() + 
  labs(x = "DR" , y = "Fraction", fill = "Annotation") + 
  guides(fill = guide_legend(ncol = 2)) + 
  theme(legend.position = c(0.8, 0.8))

3、其他

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参考资料

[1] Halldorsson, B.V., Eggertsson, H.P., Moore, K.H.S. et al. The sequences of 150,119 genomes in the UK Biobank. Nature 607, 732–740 (2022). https://doi.org/10.1038/s41586-022-04965-x