vitaldb数据库加速教程

昨天说了下mimic数据库查询，就有人问vitaldb数据库挺慢的，怎么能快一点。

vitaldb 与 MIMIC数据库差异

vitaldb跟mimic不太一样，官方的查询是基于文件的，当然也可以把这些放到数据库里面，但是占用空间会超过4t，太大了。

vitaldb为啥会这么慢

官方提供了一个python的包vitaldb来进行数据载入，这个包是基于web的，每次查看或者分析数据得从官网上下载数据，比如查看一个病人的动脉和心电图波形。

#载入包
import vitaldb
import matplotlib.pyplot as plt
#获取病例1的心电图和动脉血压
vals = vitaldb.load_case(1, ['ECG_II','ART'], 1/100)
#截取一段
ecg = vals[:,0]
art = vals[:,1]
# 画图
plt.figure(figsize=(20,10))
plt.subplot(211)
plt.plot(ecg[110000:111000], color='g')
plt.subplot(212)
plt.plot(art[110000:111000], color='r')
plt.show()

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运行这段要23.2秒，如果要获取更多数据，会是个灾难。

怎么办？

可以应用官方接口把这些数据提前下载下来，然后修改官方包，从本地读取数据。

#载入包
import vitaldb_local as vitaldb
import matplotlib.pyplot as plt
#获取病例1的心电图和动脉血压
vals = vitaldb.load_case(1, ['ECG_II','ART'], 1/100)
#截取一段
ecg = vals[:,0]
art = vals[:,1]
# 画图
plt.figure(figsize=(20,10))
plt.subplot(211)
plt.plot(ecg[110000:111000], color='g')
plt.subplot(212)
plt.plot(art[110000:111000], color='r')
plt.show()

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只需要2秒