R语言与Python绘制pairsplot

本文主要展示如何利用R语言与Python绘制pairsplot图。pairsplot，顾名思义，其中的pairs为成对、一双的含义，即两两变量之间的关系图。主要参考包括Stack Overflow^[1]、如何使用python绘制pais相关系数图^[2]、R语言绘图|散点图矩阵^[3]。

1、R语言绘制

1.1 psych包绘制

library(ggplot2)
head(iris)
psych::pairs.panels(iris[1:4], stars = TRUE, ci = TRUE, lm = TRUE, pch = 21)

1.2 GGally包绘制

GGally::ggpairs(iris[1:4]) + theme_bw() + theme(panel.grid = element_blank())

2、Python绘制

#加载相关package
import warnings
import pandas as pd
import seaborn as sns
import matplotlib.pyplot as plt
from scipy.stats import pearsonr
warnings.filterwarnings("ignore")

2.1 seaborn自带的pairplot函数

#使用iris数据集
iris = pd.read_csv("iris.csv")
iris = iris.iloc[:,0:4]
iris.head()

pairplot = sns.pairplot(iris)
pairplot.figure.set_size_inches(8, 8)
pairs.fig.savefig("pairplot.pdf")

2.2 绘制R形式的parisplot

def reg_coef(x,y,label = None, color = None, **kwargs):
    ax = plt.gca()
    ax.figure.set_size_inches(8, 8)
    r,p = pearsonr(x,y)
    ax.annotate('Corr :{:.3f}'.format(r), xy=(0.5,0.5), xycoords='axes fraction', ha='center')
    ax.annotate('P_value :{:.3f}'.format(p), xy=(0.5,0.4), xycoords='axes fraction', ha='center')
    ax.set_axis_off()

pairs = sns.PairGrid(iris)
pairs.map_diag(sns.distplot) #diagonal 
pairs.map_lower(sns.regplot) #Lower
pairs.map_upper(reg_coef) #Upper 
pairs.fig.savefig("seabon.pdf") #save to pdf

3、其他

其他绘图方法可进一步阅读公众号其他文章。

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参考资料