R语言绘图|小提琴图

本文主要介绍在R语言中如何利用ggplot2绘制小提琴图（Violin Plot），小提琴一般可用于展示数据的分布状态以及密度特征。如下图所示：

1、数据准备

library(ggplot2)
head(ToothGrowth)
#   len supp dose
#1  4.2   VC  0.5
#2 11.5   VC  0.5
#3  7.3   VC  0.5
#4  5.8   VC  0.5
#5  6.4   VC  0.5
#6 10.0   VC  0.5
str(ToothGrowth)
#'data.frame': 60 obs. of  3 variables:
# $ len : num  4.2 11.5 7.3 5.8 6.4 10 11.2 11.2 5.2 7 ...
# $ supp: Factor w/ 2 levels "OJ","VC": 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ...
# $ dose: num  0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 0.5 ...
ToothGrowth$dose <- factor(ToothGrowth$dose)

2、图形绘制

2.1 基础小提琴图

ggplot(ToothGrowth, aes(dose, len, fill = dose)) + 
  geom_violin(trim = FALSE, show.legend = FALSE) + 
  scale_fill_brewer(palette = "Set2") + 
  theme_bw(base_size = 15)

2.2 添加均值与标准差

添加均值点以及一个±标准差

ggplot(ToothGrowth, aes(dose, len, fill = dose)) + 
  geom_violin(trim = FALSE, show.legend = FALSE) + 
  stat_summary(fun.data = "mean_sdl", fun.args = list(mult = 1), geom = "pointrange", color = "black", show.legend = FALSE) + 
  scale_fill_brewer(palette = "Set2") + 
  theme_bw(base_size = 15)

2.3 添加箱线图

ggplot(ToothGrowth, aes(dose, len, fill = dose )) + 
  geom_violin(trim = FALSE, position = position_dodge(0.9), show.legend = FALSE) + 
  geom_boxplot(width = 0.2, position = position_dodge(0.9), show.legend = FALSE) + 
  scale_fill_brewer(palette = "Set2") + 
  theme_bw(base_size = 15) 

2.4 分组变量下小提琴图

ggplot(ToothGrowth, aes(dose, len,  fill = supp )) + 
  geom_violin(trim = FALSE, position = position_dodge(0.9)) + 
  geom_boxplot(width = 0.2, position = position_dodge(0.9)) + 
  scale_fill_brewer(palette = "Set2") + 
  theme_bw(base_size = 15) 

3、其他

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