感觉用堡垒机管理比较好，堡垒机可以设定执行rm等特殊命令禁止的操作；

用第三方ftp来实现，比如vsftp，它可以将你说的文件夹指定为用户的家目录，用户只能在家目录以上操作，不能对家目录进行删除。