https://www.bioconductor.org/packages/release/data/annotation 来自R包官方网站：https://www.bioconductor.org
该网站搜索这个数据包，并下载到对应的集群（当然了，我的是不联网，所以需要把数据包先下载到本地，在使用stfp等工具上传到对应的集群上去）。
下载方式：
①直接点击搜索到的包页面最下边的Source package旁边的这个包即可；
| Source Package | Homo.sapiens_1.3.1.tar.gz |
2 安装
R CMD INSTALL /mypackagepathdirectory/mypackage.tar.gz复制
提示：此处使用的R命令是需要你提前配置好你的bashrc文件，或者R的全路径，否则系统会自动读取系统默认的R路径来安装，如果在系统默认的文件夹下你没有权限，则就会提示报错；
如果你想要把它安装在你自己选定的路径下，则可以执行如下命令：
R CMD INSTALL -l lib /mypackagepathdirectory/mypackage.tar.gz#(将mypackage安装在lib目录下）复制
系统提示：
** testing if installed package keeps a record of temporary installation path* DONE (Homo.sapiens)复制
则表示系统安装完成，且成功。
但是（我也挺讨厌但是的），系统提示：
ERROR: dependencies ‘GenomicRanges’, ‘IRanges’, ‘sva’, ‘limma’, ‘rtracklayer’, ‘Biobase’, ‘GenomeInfoDb’ are not available for package ‘Homo.spaiens’复制
这就是噩梦的开始，这意味着，你要把系统提示的这些没安装的包，按照上边的方式，一一下载下来，一一安装完成以后才可以（这个过程中，很可能碰到其他小包也存在一个，或者非常多个依赖包，没.有.安.装.）。所以，这个过程很可能是一个无限循环，有时候还可能是个无限死循环的过程。( Ĭ ^ Ĭ )
ps：如果是你自己写的R包，可以在R环境下使用，或者在R脚本中添加
source("/yourRpackagepathway/yourRscript.R")#如何调试你是否安装成功library(Homo.sapiens)#没有显示任何报错，就代表安装成功，且可用复制
以上命令直接调试该脚本，或者包。
1 下载你需要安装的模块
eg:此处使用的是perl的graph::clique图论模块进行安装；
在以下网页搜索graph或者clique
https://metacpan.org/
perl各种模块的官网
，并在左侧最下方直接点击Download下载该perl模块包Graph-Clique-0.02.tar.gz。我的perl是5.10版本的，所以我下载的模块适用于>perl3.5的模块包。
2 安装
解压缩该压缩包，然后进入文件夹中进行安装：
tar -xvf Graph-Clique-0.02.tar.gzcd ./Graph-Clique-0.01/#我也不知道为啥下载的是0.02版本的，解压完变成了0.01版本的perl Makefile.PL INSTALL_BASE=/which.directory.you.have.authority/pathwaymakemake testmake install#没有报错，就是安装成功复制
当然，如果这一步安装也显示你有其他依赖的模块没有安装，请回到“二 perl包手动安装模块”这里，将这个过程再执行一遍，知道按完所有的依赖模块即可。
3 调试使用
安装完成以后，因为你不是root，没有安装在perl对应的默认/usr /bin等路径下，所以在你的脚本中需要添加如下命令，让perl运行的时候，去读取这个模块，你才可以在流程中正常使用这个模块：
①
#在perl程序中修改INC， 例如：#!/usr/bin/perl -wpush(@INC,"/上述安装路径名称");复制
②
#!/usr/bin/perl -wBEGIN{push(@INC,"/上述安装路径名称")};复制
③
#!/usr/bin/perl -wuse lib '/上述安装路径名称';复制
因为perl读取任何模块的时候，会从@INC所包含的全部路径中查找模块，来读取使用，所以需要将你新的路径暂时添加到@INC中去，让系统可以找到新的模块的位置。
三 python模块的安装
1下载Python模块包
eg.:此处使用pbr模块包测试
在pypi官方网页下载你需要的python包，注意下载最新版本的包要跟你使用的python版本配套才可以。
https://pypi.org/project/pbr/
pypi网页是python安装包的官网下载地址，包括了各种python版本对应的python模块包
2安装
①解压缩该python包，并进入文件夹
tar -xvf pbr-5.4.5.tar.gzcd ./pbr-5.4.5python3 setup.py install #安装命令 若未报错，表示，安装完成复制
提示：如果这一步该包依赖很多其他的包，则需要回到上述python安装的第一步，重复执行这个步骤，知道依赖包全部安装完成才可以。一般，解压缩这个包的好处是：查看该包内egg.info文件夹里的require.txt文件夹或者dependency_links.txt，即可知道该包依赖的包有哪些，然后一一下载安装，而不需要等到安装测试的时候，让系统告诉你缺了哪些包；
② 不解压缩这个包，如何安装
pip install pbr-5.4.5.tar.gz复制
好处是，节省安装步骤，坏处是，不知道这个包是否还依赖了其他包。
3测试
在python环境下直接import这个包
import pbr复制
或者使用pip list |grep pbr查看是否安装成功。
总之，没有网的日子，只能自力更生，丰衣足食。虽然繁琐，但是也可以让你慢慢在安装，找bug，补bug的过程中，对这些语言的使用越来越得心应手。
编辑：Vickymemo
校对：Vickymemo
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