使用deeptools的multiBamSummary 模块时候,出现报错:
ImportError: No module named _multiarray_umath
Traceback (most recent call last):
File "./Python2.7/bin/multiBamSummary", line 5, in <module>
from deeptools.multiBamSummary import main
File "./Python2.7/lib/python2.7/site-packages/deeptools/multiBamSummary.py", line 9, in <module>
import deeptools.countReadsPerBin as countR
File "./Python2.7/lib/python2.7/site-packages/deeptools/countReadsPerBin.py", line 13, in <module>
import pyBigWig
ImportError: numpy.core.multiarray failed to import
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一开始我以为是numpy这个模块有问题,于是检查了numpy的版本问题:
pip list |grep numpy
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发现版本过低,所以,我卸载了这个numpy包:
pip uninstall numpy
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然后,重新安装了更高版本的numpy,重新测试上述软件,重新报错:
ImportError: No module named pyBigWig
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发现缺失了 pyBigWgi这模块,为了进一步确认,我直接在python环境下import pyBigWig 这个模块,发现无法import。于是,我开始重新安装pyBigWig 这个模块:
#先在网上下载pyBigWig这个包,然后放到对应路径下,不用担心必须放在哪个路径下,因为安装完,可以把安装包路径删除
python2 setup.py install
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安装过程报错:
libBigWig/io.h:1:10: fatal error: curl/curl.h: No such file or directory
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安装包路径下缺失了这个文件,需要手动在网上下载,或者在你的安装路径下查找,哪里有这个文件 curl.h:
find ../ -name "*curl.h*"
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我最终是在我的某个安装路径下找到了这个文件,有些其他软件安装也需要这个文件,所以可以尝试在你的路径中寻找。
然后
将这个文件其所在的文件夹curl直接链接到你对应的安装路径下libBigWig/
#或者
在io.h中将 curl/curl.h修改成curl.h文件的绝对路径
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第二种方法,需要修改的文件有两个,所以建议使用第一种方法更直接。
直接安装pyBigWig软件包:
python2 setup.py install
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最后安装成功。
在python环境下 import pyBigWig ,也成功。
再次运行multiBamSummary:
并未在报错。
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