前边几章讲完了 下机数据的一些基础知识点，这一章就来介绍一下不同类型的测序项目具体是用来分析什么的，这样子，你就知道自己要做分析的时候，需要选择什么测序项目了。 |
RNAseq，ATACseq，Chipseq，Hic，ChIAPET
目前常分析用到的项目类型先介绍一番
RNAseq概述
RNAseq测什么？RNA测的是细胞中的mRNA。那么细胞中mRNA是怎么来的呢？
先丢一个图：
上图中，红框位置是mRNA，这是细胞中mRNA的来源。它位于细胞质中，由核中的DNA转录而来，刚转录来的RNA是immature RNA，需要经过转录修饰，形成mature mRNA。
那么是不是我们测的就是这个mature RNA呢？然而并不是的。
再丢一张图：
上图为RNAseq 测序原理：测序中的mRNA是经过一系列实验步骤，提取出来的成熟的mRNA 反转录成的cDNA序列信息，所以，我们测的是mRNA的反转录序列cDNA。
现在知道为什么我们测的mRNA中没有U了吧。所以mRNA测序，是可以通过比对，获取我们所测物种的基因表达谱的。
RNAseq测序数据可以用来获取某个测序物种或者特定组织细胞类型产生的所有转录本合集（通过RNAseq数据进行组装，获取全部转录本合集），还可以获取某个测序物种或者特定组织细胞类型的基因表达谱，来比较不同组织细胞，或者组织细胞不同形态下的转录本差异，以此来揭示特定生物学过程以及疾病发生过程中的分子机理。
具体研究点包括：
转录本结构研究（基因边界鉴定，可变剪切研究等）；
转录本变异研究（基因融合，编码区SNP研究）；
基因表达水平研究；
全新转录本发现等。
编辑：Vickymemo
校对：Vickymemo
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